Năm 1487, ngày 19 tháng 9, Minh Hiến Tông chết, thọ 39 tuổi. Thái tử Chu Hựu Đường khi ấy đã 17 tuổi lên ngôi kế vị, tức Hoằng Trị Đế (弘治帝). Hoàng đế là người nhân từ, thông minh và kiên định. Thời kỳ trị vì của ông đã tái thiết trấn hưng Đại Minh, dù thời gian không dài, nhưng cũng đủ để các sử gia tán thưởng gọi là Hoằng Trị trung hưng.

Khi Hoằng Trị lên ngôi phải đối mặt với cục diện vô cùng hỗn loạn, do khi vua cha tại vị trọng dụng hoạn quan và nịnh thần nên đã xảy ra hiện tượng "nhiều người nhưng thiếu người tài". Để chấn hưng đế nghiệp, làm trong sạch chính trị, ông đã tiến hành chỉnh đốn quyết liệt về nhân sự, nghiêm trị những gian thần triều trước như thái giám Lương Phương, Lễ bộ hữu thị lang Lý Tỉnh, tước bỏ chức danh của hơn 3000 tăng lữ, nghệ nhân. Trong quá trình thanh trừ, Hoằng Trị chú ý tới phương thức tiến hành để không giết oan người vô tội, ông chỉ ra lệnh chém đầu duy nhất 1 người là tăng nhân Kế Nghiêu.

Hàng loạt những hành động thẳng tay cách chức của Hoằng Trị đã thổi sạch những ô uế rong nền chính trị nhà Minh, điều này có tác dụng quét sạch những trở ngại trên con đường cải cách chính trị toàn diện của ông. Cùng với đó, Hoằng Trị bắt đầu trọng dụng hiền tài. Tháng 3 năm 1492, ông hạ lệnh ghi chép lại họ tên toàn bộ văn võ đại thần ở hai kinh thuộc hai bộ Lại, Binh và các quan từ cấp trấn thủ trong ngoài tri phủ trở lên, rồi dán lên tường ở điện Văn Hóa, hễ ai thuyên chuyển thì sửa đổi ngay. Ông còn nhiều lần đề xuất với Lại bộ, Đô sát viện về tiêu chuẩn đề bạt và bãi miễn quan lại dựa vào việc xem xét thành tích của họ. Bộ máy triều đình dần được cải thiện và xuất hiện nhiều danh thần, hình thành hiện trạng "triều đa quân tử". Đây là một nền tảng quan trọng giúp chính sự thời Hoằng Trị luôn vận hành tốt. Suốt thời gian ông trị vì, mọi chính sách giúp dân giàu nước mạnh luôn được quán triệt, để làm được điều này cũng là nhờ xung quanh ông có rất nhiều đại thần tài năng và hết mực trung thành, trong đó người ông tín nhiệm nhất là Vương Thứ và Mã Văn Thăng.

Ngay khi kế vị, Hoằng Trị đế cho thiết lập Nội các của mình theo tư tưởng Nho giáo truyền thống, bản thân Hoàng đế thì biểu hiện mình là một vị quân chủ chăm chỉ siêng năng. Hoàng đế giám sát hết các công việc của triều đình, giảm thuế và giảm chi tiêu của triều đình và khôn ngoan khi lựa chọn các vị thượng thư. Nhiều cá nhân như Lưu Kiện, Tạ Khiêm và Lý Đông Dương cùng làm việc siêng năng với Hoàng đế, tạo ra một bầu không khí hiếm thấy về sự hợp tác giữa quân thần trong triều đình. Thêm nữa, Hoàng đế hay khuyến khích thần tử đứng ra tấu báo về tất cả sự kiện, thậm chí chịu cả lời chỉ trích nhắm thẳng vào bản thân nhà vua. Điều này góp phần tạo ra một nền chính trị trong sạch và thổi một luồng không khí mới vào trong triều đình nhà Minh. Những việc hoạn quan can chính trong các triều đại trước không xuất hiện thời Hoằng Trị, các hoạn quan chỉ giữ vai trò gia nô của thiên tử dưới thời ông hơn là nắm giữ các công việc quan trọng của triều đình. Nhờ những việc này, dân sinh được tiếp tục phát triển.

Hoằng Trị còn khuyến khích các triều thần tự do bày tỏ ý kiến, trong triều không chỉ xuất hiện cục diện quan lại sôi nổi dâng sớ, mà ngay cả thái học sinh vẫn chưa làm quan cũng dâng sớ nêu ý kiến. Ngoài việc lên ngự triều vào buổi sáng như thường lệ, vua còn thường xuyên lên điện triệu kiến các đại thần, đọc tấu chương, hạ chỉ lệnh, hơn nữa còn tăng thêm ngự triều vào buổi trưa, hàng ngày ở Tả thuận môn tiếp kiến các đại thần, lắng nghe kiến giải của họ về chính sự, từ đó đưa ra rất nhiều quyết sách quan trọng. Hành động khiêm tốn lắng nghe ý kiến của ông đã khích lệ quần thần tự tin hơn trong việc bày tỏ quan điểm của mình, và ông thường tập trung ý kiến hữu ích rồi mới đưa ra quyết định và phương án giải quyết vấn đề, từ đó đẩy mạnh cải cách chính trị.

Vào mùa xuân năm 1488, chỉ huy của một con tàu thuộc đảo Jeju, nhà Joseon bị đắm là Choe Bu (1454–1504) đang đi trên kênh Đại Vận Hà khi đang được hộ tống bởi tuyến chuyển phát của nhà Minh trên đường trở về Triều Tiên. Choe quan sát các tàu phà đi qua bằng cách giữ các quan chức đến từ tam tỉnh lục bộ. Khi Choe hỏi chuyện gì đang diễn ra, ông ta được giải thích rằng Tân Hoàng đế Hoằng Trị đã gạt bỏ khỏi triều đình các quan chức tham nhũng và không đủ năng lực, và đây là cử chỉ cuối cùng của ý chí tốt đẹp của Hoàng đế bằng cách cung cấp thuyền tốt và cho ông một lối đi thoải mái trở về quê nhà.

Để cải cách, Hoằng Trị không tiến hành thay đổi đột ngột chế độ tô thuế của dân, mà đã làm một số việc tốt để giảm bớt gánh nặng cho dân, chủ yếu là miễn giảm thuế má cho những vùng bị thiên tai. Năm 1490, ông miễn giảm thuế lương thực cho Hà Nam khi vùng đất này bị thiên tai, những yêu cầu miễn giảm thuế do ảnh hưởng thiên tai hàng năm hầu như đều được ông đồng ý.

Trước và sau năm 1489, Hoằng Trị cũng đã mắc một số sai lầm trong việc quản lí triều chính như để đại thần Lưu Cát lạm dụng hình ngục, bức hại nhiều viên quan chính trực; tín nhiệm thái giám Lý Quảng, bắt đầu luyện thuật lập đàn tế. Nhưng may mắn là ông nhanh chóng tỉnh ngộ, và đã tự kiểm điểm lại bản thân, phấn chấn trở lại, việc triều chính một lần nữa chuyển biến tốt đẹp.

Năm 1501, bộ lạc Thát Đát ở Mông Cổ nổi dậy làm phản, đã dẫn 10 vạn kỵ binh từ Hoa Mã Trì, Diên Trì thẳng tiến đến Cố Nguyên, Ninh Hạ; sự việc khiến cho Hoằng Trị vô cùng lo lắng. Để tăng cường lực lượng quân sự, năm 1502, vua phong Lưu Đại Hạ làm Binh bộ thượng thư, phụ trách chỉnh đốn quân sự, đồng thời phái 10 vạn quân đàn áp mới đuổi được quân Thát Đát.

Trong cuối thời kỳ nắm quyền, Hoằng Trị hoàng đế dốc hết tâm huyết để làm trong sạch chính sự, chấn hưng đất nước. Tuy nhiên Hoằng Trị đế vẫn không thể dẹp hết được nạn tham ô trầm trọng, tính chất hủ bại lười biếng sợ việc của tập đoàn quan liêu nhà Minh đã có từ lâu đời cũng như bất lực khi phải đối phó với nạn cướp biển Nhật Bản bắt đầu trỗi dậy dọc bở biển phía đông.

Năm 1505, ngày 8 tháng 6, Minh Hiếu Tông qua đời ở tuổi 36. Miếu hiệu là Hiếu Tông (孝宗), thụy hiệu là Kiến Thiên Minh Đạo Thành Thuần Trung Chính Thánh Văn Thần Vũ Chí Nhân Đại Đức Kính Hoàng đế (建天明道誠純中正聖文神武至仁大德敬皇帝), được an táng ở Thái lăng (泰陵).